El sistema d’organització més formidable és el que té forma de xarxa descentralitzada, perquè és l’estructura d’autoprotecció i supervivència més efectiva que hi ha. Si alguns dels nodes (de cada element que interactua com a part de la xarxa en diem “node”) és agredit des de l’exterior o es corromp des de l’interior, la xarxa es mantindrà robusta gràcies a les interconnexions multirecíproques que hi ha entre la resta de nodes que hi participen.
Aquesta xarxa es compon de diferents espais d’autoorganització segons el territori que abasten. Els projectes autònoms són iniciatives que realitzen una activitat concreta i que es basen en la confiança mútua de tots els seus integrants. Aquí hi podríem englobar els projectes de vida comunitària (rurals o no), les iniciatives productives i els projectes no productius (d’educació lliure o de salut autogestionada, per exemple), a més de les iniciatives individuals autònomes. En el cas de la CIC existeixen els Projectes Autònoms d’Iniciativa Col·lectivitzada (PAIC) que es desenvolupen a partir dels recursos comuns de la cooperativa i que tenen accés a aquests recursos amb avantatges (com per exemple un immoble, vehicles o altres mitjans en cessió, masoveria o lloguer/compra-venda per sota del preu de mercat) i n’asseguren l’ús col·lectiu amb la propietat cooperativa i la presa de decisions per assemblea. Funcionen de manera autònoma.
Els nuclis d’autogestió local són espais d’interacció basats en la proximitat, on les iniciatives col·lectives i els projectes autònoms interactuen amb un alt nivell de confiança. La referència territorial pot ser un barri d’una ciutat, un poble mitjà, un conjunt de pobles petits propers, etc. Les xarxes d’autogestió bioregional (anomenades ecoxarxes a Catalunya) són l’espai bioregional o comarcal (una vall, per exemple), on interactuen els elements que hem mencionat anteriorment, amb igualtat de condicions. A aquest nivell es gesta una economia contrahegemònica, que fomenta l’ús de monedes lliures o socials, que serveix per enfortir l’economia de proximitat i les relacions de confiança (per aprofundir en aquest aspecte, llegiu més avall sobre el sistema econòmic integral). Per últim, la cooperativa integral és un marc de referència i coordinació des d’on es generen mitjans col·laboratius i col·lectius que qualsevol de les iniciatives esmentades pot escollir i utilitzar: des d’eines legals (cooperatives), fins a eines telemàtiques o informàtiques, i especialment formes i plans d’acció per aprofundir en l’autogestió i l’autoorganització.